CAN Minutes
Présents:
- Laurent Modolo (LBMC)
- Ghislain Durif (LBMC)
- Carine Rey (CIRI)
- Lucie Etienne (CIRI)
- Jocelyn Tupin (IVPC)
- Sergio Sarnataro (Spatial-Cell-Id)
- Estelle Devêvre (UMS)
- Jérémy Just (RDP)
- Vincent Bayle (RDP)
- Evelyne Duvernois (RDP)
- Ema Caracas (SFR)
Excusés:
- Laurent Gilquin (IGFL)
Labéllisation IFB - CBPSMN
Discussion entre l’IFB et CBPSMN. Le CBPSMN héberge et fournit une partie du Cloud de l’IFB.
Elixir – bioinfo au niveau européen – porte d’entrée IFB.
Objectif du CBPSMN – labellisation IFB – limitant pas de formation associée – rapprochement avec le CAN impliquant une double tutelle des formations SFR Biosciences / CBPSMN dans le futur, impliquant également une ouverture nationale des formations proposées par le CAN.
Labellisation Iso 9001 – SFR Biosciences
SFR Biosciences – Margaux Perroy – spécialiste labellisation Iso 9001- 6 plateaux de la SFR sont certifiés : va être invitée au CAN pour aider la mise en place d’outils de rationalisation du suivi des formations notamment en terme extraction des données – dans un second temps se posera la question de pousser jusqu’à la labellisation Iso 9001 pour les formations du CAN.
Formation python:
Responsable: Laurent Gilquin
Retours (mix – retour écrit Laurent G. et discussions en session)
Participants:
3 groupes de 10-12 étudiants : assez hétérogènes
½ suit vs ½ problème de formalisme de l’algo
Il existe un écart important entre les participants quant à leur capacité à traduire un énoncé d’exercice en pseudocode : deux groupes se distinguent. Le premier groupe éprouve de grandes difficultés à rédiger une ébauche de solution, mais la comprend à la lecture ; le second est capable de travailler de manière quasi autonome.
Certains participants ne maîtrisent pas pleinement certains concepts, mais hésitent à l’admettre (ce problème n’est pas spécifique à Python).
Défis pour le groupe anglophone qui regroupe différents niveaux.
Support pédagogique:
Trop dense : il faudrait prévoir davantage d’heures de formation pour alléger le contenu
Il faudrait retravailler certaines solutions pour les rendre plus accessibles, quitte à perdre en optimisation.
Propositions:
Changer les prérequis pour l’an prochain – savoir coder initialement ?
Réaliser une formation algo initiale ou commune avec R – défi afin que cela reste attractif pour les biologistes – ajouter une préformation en algo pour les débutants de 2-3 séances ?
Faire des groupes de niveau – et clarifier ce que l’on entend par “débutant”
Ajouter des liens vers des antisèches utiles ou les fournir dès le début de la formation.
Proposer des exercices en ligne pour permettre aux participants de s’entraîner à domicile.
Utiliser un tableau interactif pour illustrer visuellement certains points.
Un retour des participants à la fin de la formation sera sollicité à la fin de la formation
Infos/ remarques Ghislain D. :
Py-edu-fr Des formations Python par la communauté Python francophone – contenu pédagogique qui pourrait être utilisé pour les futurs formations :
Introduction à la programmation, avec Python et Jupyter (niveau 1er cycle universitaire)
Python initiation (niveau Master 2, formations doctorales ou permanentes)
Formation R:
Responsable: Ghislain Durif
- Formation tourne, pas de problèmes remontés par les équipes enseigantes pour le moment.
Formation UNIX:
Responsable : Jérémy Just
- Va être lancé mi – février
Formation ImageJ:
- En cours
Formation Deep Learning – basé sur Fiddle:
Responsables: Laurent Modolo, Ghislain Durif (formateur)
ANF – proposé en ligne avec notebook python
Vidéo – 1h30, regardé en amont de la formation et les TP sont faits lors de la séance.
8 –> 7 participants assidus
Limitations : quelques difficultés sur les concepts, en français.
Formations second semestre:
Estelle D. (UMS) - Remontée d’un souhait de formation pour la réalisation des analyses de cytométrie sur R (n=23) :
Vérifier la possibilité de récupérer les formations en ligne d’analyse R pour la cytométrie : Société française de cytométrie et l’inserm proposent des formations en ligne.
Lancer une formation avec spé en cyto et bioinfo – plusieurs personnes au LBMC analysent déjà leurs données sous R.
Formation RNA-Seq (Carine Rey) – 9 inscrits – Majoritairement des doctorants en 2ème et 3ème année – 10 séances de 3h30.
Demande de formations en stat remontées :
BIPS : va lancer des ateliers 1 fois par mois sur un thème – normalement ouvert au CAN – jeudi pm
Laurent M. – va lancer des formations courtes 1x3h – de stat
Support de cours déjà disponibles (produit pour L3/M1)
Recherche – volontaire en support sur les cours ou pour animer si plusieurs groupes
Premières formations : modèle linéaire, tests…
Questions ouvertes et remarques:
Laurent G. : Intérêt d’organiser des formations avec GPU ? Compliqué en terme d’accès, ressources limitées déjà pour les applications recherche.
Laurent G. : action dans les différents laboratoire pour encourager l’utilisation d’Emmy plutôt que d’autres IA?
Pour le moment – Emmy (= Chat de Mistral – compte CNRS) – disponible seulement pour les personnels CNRS
Conclusion : recommander Albert, fourni par la direction numérique interministériel, pour tous les autres agents d’état. Infos Ghislain D. :
home page pour demander un compte : https://albert.sites.beta.gouv.fr/
API Web pour interroger le modèle : https://albert.playground.etalab.gouv.fr/
documentation sur la : https://docs.opengatellm.org/docs/
une clé API peut être crée et utiliser pour interroger le modèle disponible via l’URL de l’API https://albert.api.etalab.gouv.fr/v1 depuis n’importe quel client compatible