CAN Minutes
Présents: Carine, Laurent M., Laurent G., Ghislain, Sergio, Jérémy, Estelle, Ema, Cécile, Evelyne.
Excusés: Jocelyn, Lucie, Vincent.
Bilan du sondage sur les formations
Il n’est pas certain que tout le monde ait compris qu’il s’agissait d’un simple sondage, et non d’un engagement.
Globalement, les gens sont satisfaits des formations passées, et les compétences acquises ont été mises en œuvre.
Formations très demandées: Python, Unix et NextFlow.
Il y a des demandes pour des formations ATAC-seq et ChIP-seq; ça pourrait être des formations courtes pour les personnes déjà formées à Nextflow.
Demande de formation à Groovy: pourrait être intégrée à une formation avancée à NextFlow. Du coup, on pourrait découper la formation Nextflow en 2 parties: débutant: faire tourner un pipeline existant; avancé: modifier un pipeline existant (incluant une intro à Groovy).
Très peu d’intérêt manifesté pour la segmentation automatique d’images et l’analyse d’images de gel (note: pour les gels de génotypage, l’analyse à l’œil nu prend une fraction de seconde; aucun intérêt de passer du temps à enregistrer et exporter l’image).
Concernant les approches quantitatives en cytométrie en flux (13 personnes intéressées), Estelle va assister à la rentrée à une formation organisée par l’Association française de cytométrie (3 séances de 2h en ligne; analyses sous R). Elle fera un retour.
Globalement, les formations aux statistiques intéressent les gens.
Un certain intérêt: analyse de RNA-seq, scRNA-seq, spatial RNA-seq.
Retour sur certaines formations 2024-2025
Laurent G. a assuré la formation Python. Huit apprenants au début, 3 à la fin. La formation apparaît comme trop détaillée; elle a dû être remaniée en cours de route. Serait peut-être à diviser en modules.
Ghislain et Laurent M.: formation Fidle, l’idée est de se regrouper pour suivre les 14 séances en ligne: https://fidle.cnrs.fr/w3/ Chaque séance comporte 1h30 à 2h de cours, puis 1h30 de TP
Perspectives pour les formations 2025-2026
Calendrier
Les formations courtes sont plutôt organisées à la demande.
Liste des formations courtes: Git et Nextflow au premier semestre; FACS en janvier.
Les formations longues sont candencées (séances(s) chaque semaine). Prévoir plutôt ces formations longues sur le premier semestre, à partir d’octobre. Les jeudis après-midis fonctionnent plutôt bien.
Liste des formations longues: R, Unix, Python, éventuellement ImageJ.
Formations envisagées pour le deuxième semestre: stats, scRNA-seq, bulk RNA-seq.
Chaque formateur réserve les salles et trouve ses co-formateurs.
Bien lister les objectifs pédagogiques de chaque formation.
Thèmes
Carine se repropose pour la formation bulk RNA-seq (prérequis: Unix et R).
Laurent M. se propose pour une formation statistique à la réduction de dimensionnalité (cours de M1). L’idée est de creuser la méthode. Cette formation ne serait pas utile pour simplement utiliser ces démarches.
La formation longue à R sera reprogrammée, et ouverte pour minimum 8 inscrits (faire un appel à formateurs)
Jérémy: formation à Unix (ligne de commande). Profitera des retours d’expérience de Laurent G. qui l’assurée en 2024-2025.
Sergio propose d’organiser une formation à la transcriptomique spatiale. Format à définir (sans doute formation courte), prérequis: single-cell RNAseq. Utiliserait du Python, mais un autre formateur pourrait choisir R.
Ema: formation à ImageJ début 2026 (6 semaines, organisée par le Platim). À confirmer dans le courant de l’été.
Quelques autres idées: - pour des formations aux statistiques, il y a déjà des supports disponibles pour une grosse partie (sous forme de TP), - Python intermédiaire, - R avancé, - Programmation en Rust.
Attestations de présence
Une attestation de formation est délivrée aux apprenants, mais cette année, on prévoit de demander un quota de présence (par exemple il faut avoir assisté à au moins 75% des séances).