CAN Minutes

Author

Jacques Brocard

Published

February 10, 2025

Réunion CAN, lundi 10 février 2025 à 14h30

Présents : Jocelyn Turpin (IVPC), Laurent Modolo (LBMC), Jacques Brocard (SFR), Ema Caracas (SFR), Evelyne Duvernois (RDP), Laurent Gilquin (IGFL), Vincent Bayle (RDP), Jérémy Just (RDP), Carine Rey (CIRI), Lucie Etienne (CIRI), Estelle Devêvre (SFR), Ghislain Durif (LBMC)

LM = site web du CAN refait via gitbio avec des fichiers markdown Réunion avec SFR = le temps ITA partagé en formation [R et FIJI] est plebiscité par les DU Formations CAN en 2024 = effectifs R diminuent de moitié en janvier ; formation Unix qq stagiaires seulement Origine des formateurs : + CIRI en 2024 vs + LBMC en 2023 LG a fait une proposition de formation Python aux stagiaires de R, sans assez de stagiaires ; prochaine tentative à l’IGFL pour 12 personnes en 8x 2 heures = bases + numpy, panda, matplotlib, du 17 mars à mi-mai

#pytorch

Quelle finalité pour une formation Python ? Améliorer l’accès aux outils d’analyse de séquences et d’images. Hugo Blanc (Spatial-Cell-ID) envisage d’assurer un lien entre FIJI et Python lors de la prochaine formation CAN / ImageJ. On peut aussi envisager de transférer la formation R vers Python. Ou bien se former avec son voisin de bureau mais c’est généralement moins formalisé. NB : le fait que les anciens stagiaires deviennent formateurs est très apprécié et permet de renouveler l’effort.

Formation Deep Learning au LBMC via FIDLE et la mise en commun des TP 1h1/2 = 6 personnes formées avec succès, mais pas des biologistes. Pré-requis = lire / écrire en Python. À généraliser à la SFR ?

#keras/pytorch

LBMC = nouvelles propositions de formations personnalisées sur une tâche d’analyse spécifique de cytométrie, images, … Pareil au BIBS et c’est un format qui plaît. Sondage à venir sur formations + pointues et/ou complémentaires. Cette offre s’adresse-t-elle à tout.es ou à des agents spécialisés ? Plutôt spécialisés et avec des données.

Formation RNAseq du BIBS ouverte au CAN = 10 séances des 3h1/2.

Lucie Etienne : il existe d’autres groupes de travail bioinfo / matériel pour Alphafold par exemple (AlphaFold PullDown et besoins en GPUs) ; l’objectif du CAN est-il aussi de faire des ponts avec eux ? Peut-être pas jusqu’à des recommandations de matériel… Remarque : il n’y a plus de représentant de l’IBCP au CAN ? Si, Alexis MICHON !

#GPU / CUDA ; Usage en baisse à prévoir à l’IN2P3… Alternative au ccIN2P3 = help!!